Expansion of specialized metabolism-related superfamily genes via whole genome duplications during angiosperm evolution
Notice bibliographique
Résumé
Specialized metabolism in land plants produces the diverse array of compounds, which is important in interaction with the environments. Generally, specialized metabolism-related genes consist of large gene families (superfamily), including cytochrome P450 monooxygenases (CYPs), 2-oxoglutarate-dependent dioxygenases (DOXs), and family-1 UDP-sugar dependent glycosyltransferases (UGTs), especially in angiosperms and gymnosperms. We investigated the changes in the numbers of these superfamily genes during the evolution of angiosperms by inferring gain and loss events in ancestral lineages of 5 angiosperms and 1 lycophyte. We observed the clear difference in the changes in the gene number among ancestral lineages. Intriguingly, gene gain events were coordinately occurred among CYP, DOX and UGT in lineage-specific manner, and the gain events were in good accordance with ancient whole genome duplication (WGD) events. Thus, the WGD events in angiosperms would have an important role in the expansion and evolution of specialized metabolism by providing prerequisite genetic resources for subsequent lineage-specific local tandem duplication (LTD) of superfamily genes as well as functional differentiation of these superfamily genes.
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».