Identification of Sam68 Arginine Glycine-rich Sequences Capable of Conferring Nonspecific RNA Binding to the GSG Domain
Notice bibliographique
Résumé
Sam68 is an RNA-binding protein that contains a heterogeneous nuclear ribonucleoprotein K homology domain embedded in a larger RNA binding domain called the GSG (GRP33, Sam68, GLD-1) domain. This family of proteins is often referred to as the STAR (signal transduction and activators of RNA metabolism) proteins. It is not known whether Sam68 is a general nonspecific RNA-binding protein or whether it recognizes specific response elements in mRNAs with high affinity. Sam68 has been shown to bind homopolymeric RNA and a synthetic RNA sequence called G8-5 that has a core UAAA motif. Here we performed a structure function analysis of Sam68 and identified two arginine glycine (RG)-rich regions that confer nonspecific RNA binding to the Sam68 GSG domain. In addition, by using chimeric proteins between Sam68 and QKI-7, we demonstrated that one of the Sam68 RG-rich sequences of 26 amino acids was sufficient to confer homopolymeric RNA binding to the GSG domain of QKI-7, another STAR protein. Furthermore, that minimal sequence can also give QKI-7 the ability (as Sam68) to functionally substitute for HIV-1 REV to facilitate the nuclear export of RNAs. Our studies suggest that neighboring RG-rich sequences may impose nonspecific RNA binding to GSG domains. Because the Sam68 RNA binding activity is negatively regulated by tyrosine phosphorylation, our data lead us to propose that Sam68 might be a specific RNA-binding protein when tyrosine phosphorylated.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».