Different conformational dynamics of PDZ1 and PDZ2 in full-length EBP50 analyzed by hydrogen/deuterium exchange mass spectrometry
Notice bibliographique
Résumé
Ezrin-radixin-moesin-binding protein 50 (EBP50) is a scaffolding protein expressed in polarized epithelial cells in various organs, including the liver, kidney, and small intestine, in which it regulates the trafficking and targeting cellular proteins. EBP50 contains two postsynaptic density-95/disk-large/ZO-1 homology (PDZ) domains (e.g., PDZ1 and PDZ2) and an ezrin/radixin/moesin-binding (EB) domain. PDZ domains are one of the major scaffolding domains regulating protein-protein interactions with critical biological roles in cell polarity, migration, proliferation, recognition, and cell-cell interaction. PDZ1 and PDZ2 in EBP50 have different ligand selectivity, although several high-resolution structural studies of isolated PDZ1 and PDZ2 showed similar structures. We studied the conformations of full-length EBP50 and isolated PDZ1 and PDZ2 using hydrogen/deuterium exchange mass spectrometry (HDX-MS). The deuterium uptake profiles of isolated PDZ1 and PDZ2 were similar to those of full-length EBP50. Interestingly, PDZ1 was more dynamic than PDZ2, and these PDZ domains underwent different conformational changes upon ligand binding. These results might explain the differences in ligand-selectivity between PDZ1 and PDZ2.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».