Assessment of genotypic identity of cyanobacterial strains in culture collections using HIP1-based primers
Notice bibliographique
Résumé
We examined 32 cyanobacterial strains, representative of 11 different genera, for the presence of the highly iterated genomic palindrome, called HIPI, using HIP I extended PCR primers. Cryolysates or cell suspensions, and even single colonies, of Microcystis aeruginosa, strain PCC 7806, yielded PCR products equivalent to those obtained with purified DNA, as judged from the banding patterns obtained by gel electrophoresis. Cryolysates were used for amplification and genotyping of all other strains. Representatives of different genera differed extensively in HIP1-based migration patterns, and the amplification products of axenic cyanobacteria were comparable to those obtained with duplicate, non-axenic strains. In addition, HIPI repeats were present in 11 strains of the species Microcystis aeruginosa and in isolates assignable to Planktothrix agardhii and P. rubescens. Based on available 16S rDNA sequence data and DNA/DNA hybridization results for members of these genera, the differences detected by HIP1-based profiling correlate with the interspecies distinctions between Planktothrix agardhii and P rubescens, and reflect intraspecific diversity for members of Microcystis aeruginosa. Thus, we have confirmed the value of this method for rapid genotyping and verification of presumably identical strains from different culture collections.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».