Development of an <i>Adonis aestivalis</i> expressed sequence tag population as a resource for genes of the carotenoid pathway
Notice bibliographique
Résumé
Expressed sequence tag (EST) libraries are a powerful tool for gene discovery in plants with genomes that are not fully sequenced. Adonis aestivalis (Ranunculaceae) is unusual among higher plants in that it accumulates large amounts of the valuable red ketocarotenoid astaxanthin in the flower petals, in addition to other carotenoids, and should therefore be a rich source of transcripts involved in carotenoid biosynthesis. To create a resource for gene discovery and increase our understanding of ketocarotenoid biosynthesis in plants, we sequenced 4189 cloned cDNAs from the floral tissues of A. aestivalis. The EST collection was annotated using sequence homology searches comparing the A. aestivalis ESTs with reference databases. ESTs involved in carotenoid biosynthesis were identified based on sequence homology to published sequences and by functional prediction using InterProScan. This study identified expressed transcripts for most of the known genes involved in the carotenoid pathway. Using an Escherichia coli functional expression system, two candidate transcripts from the A. aestivalis cDNA library were functionally characterized and identified as a novel beta-carotene 3-hydroxylase (CrtH2) and a beta-carotene monooxygenase. The expanded use of this EST collection combined with the E. coli expression system as presented here will greatly facilitate the cloning and characterization of candidate genes involved in carotenoid biosynthesis in plants.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».