Transcriptome of <i>Salmonella enterica</i> serovar Typhi within macrophages revealed through the selective capture of transcribed sequences
Notice bibliographique
Résumé
The cDNA obtained by selective capture of transcribed sequences is a complex mixture that can be used in conjunction with microarrays to determine global gene expression by a pathogen during infection. We used this method to study genes expressed by Salmonella enterica serovar Typhi, the etiological agent of typhoid fever, within human macrophages. Global expression profiles of Typhi grown in vitro and within macrophages at different time points were obtained and compared. Known virulence factors, such as the SPI-1- and SPI-2-encoded type III secretion systems, were found to be expressed as predicted during infection by Salmonella, which validated our data. Typhi inside macrophages showed increased expression of genes encoding resistance to antimicrobial peptides, used the glyoxylate bypass for fatty acid utilization, and did not induce the SOS response or the oxidative stress response. Genes coding for the flagellar apparatus, chemotaxis, and iron transport systems were down-regulated in vivo. Many cDNAs corresponding to genes with unknown functions were up-regulated inside human macrophages and will be important to consider for future studies to elucidate the intracellular lifestyle of this human-specific pathogen. Real-time quantitative PCR was consistent with the microarray results. The combined use of selective capture of transcribed sequences and microarrays is an effective way to determine the bacterial transcriptome in vivo and could be used to investigate transcriptional profiles of other bacterial pathogens without the need to recover many nanograms of bacterial mRNA from host and without increasing the multiplicity of infection beyond what is seen in nature.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».