Characterization of <i>Phytophthora infestans</i> Populations in Colombia: First Report of the A2 Mating Type
Notice bibliographique
Résumé
Phytophthora infestans, the causal agent of late blight in crops of the Solanaceae family, is one of the most important plant pathogens in Colombia. Not only are Solanum lycopersicum, and S. tuberosum at risk, but also several other solanaceous hosts (Physalis peruviana, S. betaceum, S. phureja, and S. quitoense) that have recently gained importance as new crops in Colombia may be at risk. Because little is known about the population structure of Phytophthora infestans in Colombia, we report here the phenotypic and molecular characterization of 97 isolates collected from these six different solanaceous plants in Colombia. All the isolates were analyzed for mating type, mitochondrial haplotypes, genotype for several microsatellites, and sequence of the internal transcribed spacer (ITS) region. This characterization identified a single individual of A2 mating type (from Physalis peruviana) for the first time in Colombia. All isolates had an ITS sequence that was at least 97% identical to the consensus sequence. Of the 97 isolates, 96 were mitochondrial haplotype IIa, with the single A2 isolate being Ia. All isolates were invariant for the microsatellites. Additionally, isolates collected from S. tuberosum and P. peruviana (64 isolates) were tested for: aggressiveness on both hosts, genotype for the isozymes (glucose-6-phosphate isomerase and peptidase), and restriction fragment length polymorphism fingerprint pattern as detected by RG57. Isolates from S. tuberosum were preferentially pathogenic on S. tuberosum, and isolates from P. peruviana were preferentially pathogenic on P. peruviana. The population from these two hosts was dominated by a single clonal lineage (59 of 64 individuals assayed), previously identified from Ecuador and Peru as EC-1. This lineage was mating type A1, IIa for mitochondrial DNA, invariant for two microsatellites, and invariant for both isozymes. The remaining four A1 isolates were in lineages very closely related to EC-1 (named EC-1.1, CO-1, and CO-2). The remaining lineage (the A2 mating type) had characteristics of the US-8 lineage (previously identified in Mexico, the United States, and Canada). These results have important epidemiological implications for the production of these two crops in Colombia.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».