Synchrotron-Based Chemical Nano-Tomography of Microbial Cell-Mineral Aggregates in their Natural, Hydrated State
Notice bibliographique
Résumé
Chemical nano-tomography of microbial cells in their natural, hydrated state provides direct evidence of metabolic and chemical processes. Cells of the nitrate-reducing Acidovorax sp. strain BoFeN1 were cultured in the presence of ferrous iron. Bacterial reduction of nitrate causes precipitation of Fe(III)-(oxyhydr)oxides in the periplasm and in direct vicinity of the cells. Nanoliter aliquots of cell-suspension were injected into custom-designed sample holders wherein polyimide membranes collapse around the cells by capillary forces. The immobilized, hydrated cells were analyzed by synchrotron-based scanning transmission X-ray microscopy in combination with angle-scan tomography. This approach provides three-dimensional (3D) maps of the chemical species in the sample by employing their intrinsic near-edge X-ray absorption properties. The cells were scanned through the focus of a monochromatic soft X-ray beam at different, chemically specific X-ray energies to acquire projection images of their corresponding X-ray absorbance. Based on these images, chemical composition maps were then calculated. Acquiring projections at different tilt angles allowed for 3D reconstruction of the chemical composition. Our approach allows for 3D chemical mapping of hydrated samples and thus provides direct evidence for the localization of metabolic and chemical processes in situ.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».