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Enregistrement W2038368671 · doi:10.1371/journal.pone.0077156

A Mitochondrial Phylogeny and Biogeographical Scenario for Asiatic Water Shrews of the Genus Chimarrogale: Implications for Taxonomy and Low-Latitude Migration Routes

2013· article· en· W2038368671 sur OpenAlexaff
Shouli Yuan, Xuelong Jiang, Zhenji Li, Kai He, Masashi Harada, Tatsuo Oshida, Liang‐Kong Lin

Notice bibliographique

RevuePLoS ONE · 2013
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueBat Biology and Ecology Studies
Établissements canadiensUniversity of Manitoba
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésSubspeciesBiologyParaphylyPhylogeneticsPhylogenetic treeShrewZoologyEvolutionary biologyPhylogeographyTaxonomy (biology)Molecular phylogeneticsBiogeographySpecies distributionCladeEcologyGeneGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The six species and three subspecies in the genus Chimarrogale (Soricomorpha: Soricidae) are commonly referred to as Asiatic water shrews. The Chimarrogale are the most widely distributed group of Nectogaline shrews, extending throughout the Oriental region and Japan. Because of the limited numbers of specimens available for study, the phylogenetic relationships and biogeographical history of this genus have not been comprehensively discussed. We used mitochondrial cytochrome b gene sequences to estimate phylogenetic relationships and divergence times among four Chimarrogale species, including all three subspecies of Chimarrogale himalayica. We also conducted a species delimitation analysis and tested two alternative migration scenarios in Asia through species distribution modeling and a reconstruction of the ancestral distribution. Here, we present the first proposed hypothesis regarding the Asiatic water shrew phylogeny and reveal ten putative species within the four recognized species. Distinct phylogenetic statuses of Chimarrogale phaeura, Chimarrogale platycephala, and Chimarrogale styani were confirmed. Chimarrogale himalayica was strongly supported as paraphyletic. We suggest that three subspecies of Chimarrogale himalayica should be reconsidered as distinct species. However, these suggestions must be considered with caution because only a single locus of a mtDNA gene was used. Four additional putative species, possibly distributed in central southwestern China and Taiwan, are currently undescribed; therefore, comprehensive morphological analyses are warranted to test their taxonomic statuses. The estimated molecular divergence times indicated that rapid speciation occurred during the early Pliocene, and current distribution patterns may have been affected by global cooling during the Pliocene/Pleistocene boundary. Reconstruction of the ancestral distribution and species distribution modeling for Asiatic water shrews revealed a low-latitude migration route over which ancestral Chimarrogale migrated from Europe via Central Asia to their current distribution. Our results demonstrated that Asiatic water shrews could have evolved throughout the low-latitude migration route from Europe to East and Southeast Asia.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,037
Tête enseignante GPT0,196
Écart entre enseignants0,159 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations25
Publié2013
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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