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Enregistrement W2038436205 · doi:10.1074/jbc.m401648200

The Structure of the MAPK Scaffold, MP1, Bound to Its Partner, p14

2004· article· en· W2038436205 sur OpenAlexaff
V.V. Lunin, Christine Munger, John Wagner, Ye Zheng, Mirosław Cygler, Michael Sacher

Notice bibliographique

RevueJournal of Biological Chemistry · 2004
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCellular transport and secretion
Établissements canadiensBiotechnology Research Institute
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésScaffoldMAPK/ERK pathwayScaffold proteinChemistryCell biologyComputer scienceBiologyPhosphorylationSignal transduction

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Scaffold proteins of the mitogen-activated protein kinase (MAPK) pathway have been proposed to form an active signaling module and enhance the specificity of the transduced signal. Here, we report a 2-A resolution structure of the MAPK scaffold protein MP1 in a complex with its partner protein, p14, that localizes the complex to late endosomes. The structures of these two proteins are remarkably similar, with a five-stranded beta-sheet flanked on either side by a total of three helices. The proteins form a heterodimer in solution and interact mainly through the edge beta-strand in each protein to generate a 10-stranded beta-sheet core. Both proteins also share structural similarity with the amino-terminal regulatory domains of the membrane trafficking proteins, sec22b and Ykt6p, as well as with sedlin (a component of a Golgi-associated membrane-trafficking complex) and the sigma2 and amino-terminal portion of the mu2 subunits of the clathrin adaptor complex AP2. Because neither MP1 nor p14 have been implicated in membrane traffic, we propose that the similar protein folds allow these relatively small proteins to be involved in multiple and simultaneous protein-protein interactions. Mapping of highly conserved, surface-exposed residues on MP1 and p14 provided insight into the potential sites of binding of the signaling kinases MEK1 and ERK1 to this complex, as well as the areas potentially involved in other protein-protein interactions.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,029
Score d'incertitude au seuil0,233

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,235
Écart entre enseignants0,223 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations66
Publié2004
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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