Recombinational Landscape and Population Genomics of Caenorhabditis elegans
Notice bibliographique
Résumé
Recombination rate and linkage disequilibrium, the latter a function of population genomic processes, are the critical parameters for mapping by linkage and association, and their patterns in Caenorhabditis elegans are poorly understood. We performed high-density SNP genotyping on a large panel of recombinant inbred advanced intercross lines (RIAILs) of C. elegans to characterize the landscape of recombination and, on a panel of wild strains, to characterize population genomic patterns. We confirmed that C. elegans autosomes exhibit discrete domains of nearly constant recombination rate, and we show, for the first time, that the pattern holds for the X chromosome as well. The terminal domains of each chromosome, spanning about 7% of the genome, exhibit effectively no recombination. The RIAILs exhibit a 5.3-fold expansion of the genetic map. With median marker spacing of 61 kb, they are a powerful resource for mapping quantitative trait loci in C. elegans. Among 125 wild isolates, we identified only 41 distinct haplotypes. The patterns of genotypic similarity suggest that some presumed wild strains are laboratory contaminants. The Hawaiian strain, CB4856, exhibits genetic isolation from the remainder of the global population, whose members exhibit ample evidence of intercrossing and recombining. The population effective recombination rate, estimated from the pattern of linkage disequilibrium, is correlated with the estimated meiotic recombination rate, but its magnitude implies that the effective rate of outcrossing is extremely low, corroborating reports of selection against recombinant genotypes. Despite the low population, effective recombination rate and extensive linkage disequilibrium among chromosomes, which are techniques that account for background levels of genomic similarity, permit association mapping in wild C. elegans strains.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».