Enhanced Protein Detection Using a Trapping Mode on a Hybrid Quadrupole Linear Ion Trap (Q-Trap)
Notice bibliographique
Résumé
A novel method to improve the detection of protein ions using a linear ion trap mass spectrometer is presented. A scan function combining charge separation with segmented transmission of multiply charged ions was developed to enhance the sensitivity and resolution of the linear ion trap for the nanoLC-MS analysis of intact proteins. The analytical benefits of the present method are particularly apparent in protein analyses, where the increased proportion of multiply charged ions can exacerbate space-charge effects and compromise the dynamic range of the linear ion trap instrument. The enhanced ion storage and charge separation capabilities of our targeted and enhanced multiply charged scan mode provided a 4-fold increase in signal-to-noise and 5-fold increase in resolution, thus enabling the detection of closely related protein isoforms. The application of this method is demonstrated for low femtomole detection of protein standards and nuclear extracts enriched in histone proteins. The enhanced resolution of this scan mode also enabled us to monitor subtle changes in the methylation of a subpopulation of histone H3 that occurs in chicken DT40 cells lacking specific methyltransferase activity. The extent of the fold change and PTM site localization was performed using predictive software tools and targeted multiple reaction monitoring analysis of histone peptides. Monomethylation of Lys 79 in histone H3 (H3K79me1) was down regulated by 240-fold in methyltransferase deficient cells.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».