Water mass and depth determine the distribution and diversity of<i>Rhodobacterales</i>in an Arctic marine system
Notice bibliographique
Résumé
Marine Rhodobacterales are recognized as a widespread, abundant, and metabolically versatile bacterial group in the world's oceans. They also show a nearly universal conservation of the genes for production of gene transfer agents (GTAs), virus-like particles that mediate genetic exchange between cells. It is not yet clear what factors determine the distribution of the various taxonomic subgroups of this order. To address this question, we analyzed the Rhodobacterales communities in 10 seawater samples from northern Baffin Bay collected during September 2008. A conserved gene from the GTA gene cluster was used to characterize the Rhodobacterales community structure. A total of 320 clones from 10 clone libraries were sequenced, and 22 operational taxonomic units representing putative species and 13 clusters representing putative genera were identified. A cluster related to Octadecabacter comprised 59% of total clones from the northern Baffin Bay. Phylogenetic analysis of the clones showed that the Rhodobacterales communities had distinct compositions in the different water masses that were sampled. A change in community structure related to depth was also observed. Therefore, in northern Baffin Bay where two ocean currents meet and mix, the Rhodobacterales community structures were primarily determined by water mass and depth.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».