Serum chemokine levels predict flares of disease activity in two independent systemic lupus erythematosus cohorts
Notice bibliographique
Résumé
Gene expression profiling of blood samples from SLE patients has revealed an interferon signature defined by increased expression of type I interferon (IFN)-inducible genes. In lupus patients with quiescent disease, we previously showed that elevated serum levels of IFN-inducible chemokines IP-10, MCP-1, and MIP-3b identified a subgroup of patients who were more likely to flare within the following year. The goal of this study was to derive flare risk definitions from the discovery cohort and test those definitions in an independent patient group. Consenting SLE patients were enrolled in the Autoimmune Biomarkers Collaborative Network (ABCoN) study from the Hopkins Lupus Cohort. Sera were isolated from blood collected in serum-separator tubes. SearchLight multiplexed immunoassays (Aushon Biosystems) were used to quantitate serum levels of IP-10, I-TAC, MCP-1, and MIP-3b. ABCoN Cohort 1 was used for discovery of significant variables for defining flare risk and nonrisk, and those risk definitions were tested in the independent Cohort 2. In 254 patients from Cohort 1 with inactive or mild disease (SLEDAI ≤4) at baseline, we tested serum chemokine levels, the IFN gene score, and clinical laboratory values. Risk definitions were assessed by Kaplan-Meier survival analysis and multivariate Cox regression. Statistically significant markers derived from Cohort 1 were tested in Cohort 2, in which 262 patients had SLEDAI ≤4 at their first study visit. In both cohorts, patients with high chemokine scores (calculated from IP-10, MCP-1, and MIP-3b levels) had an increased frequency of future flare (Cohort 1, Kaplan-Meier P = 0.0001; Cohort 2, P = 0.003). In Cohort 1, individual markers IP-10, I-TAC, MIP-3b, and the IFN gene score identified patients who were more likely to flare (Kaplan-Meier P < 0.05). Risk definitions based on IP-10, I-TAC, and the IFN gene score were also significant in Cohort 2. In multivariate regression analysis, IP-10 and I-TAC were identified as significant predictors of flare (Cohort 1, P = 0.003; Cohort 2, P = 0.04). Measurement of chemokine levels in frozen samples, collected from two longitudinally followed cohorts of SLE patients, identified several chemokines that were associated with development of flare in the subsequent 12-month period of time. A combination of chemokine levels may be used to predict flare risk in SLE and to aid in patient management.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».