Increased detection of rotavirus using a real time reverse transcription‐polymerase chain reaction (RT‐PCR) assay in stool specimens from children with diarrhea
Notice bibliographique
Résumé
Six-hundred and twenty-six stool specimens collected from children with diarrhea over a 12-month period were tested for rotavirus using a real time reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) assay, a conventional nested PCR assay and by electron microscopy (EM). A fragment of 87 bp in a highly-conserved region of non-structural protein 3 (NSP3) in rotavirus genome was amplified by a single-step RT-PCR protocol in a closed-tube system. Rotavirus was detected in 123 samples (20%) with the real time RT-PCR assay, 113 samples (18%) with the nested-PCR assay, and 79 samples (13%) with EM. Using serial diluted nucleic acid extract, we compared the sensitivity of real time RT-PCR with conventional RT-PCR and conventional nested PCR assays. Real time RT-PCR was two to four logs more sensitive than the conventional assays. The reaction time required for the RT-PCR assay is about half the time required for the conventional nested-PCR. The real time RT-PCR assay is both simple and rapid with advantages including enhanced sensitivity and a lower risk for cross-contamination making it a useful tool for the detection of rotavirus in various situations including sporadic gastroenteritis, outbreaks, and environmental investigations. G(1) was the predominant type (89%), followed by G(2) (10%), and G(4) (1%). No rotavirus of G(3), G(8), and G(9) types were found. The peak season for rotavirus infection was January to May in northern Alberta.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».