Solvation Structure, Thermodynamics, and Molecular Conformational Equilibria for <i>n</i>-Butane in Water Analyzed by Reference Interaction Site Model Theory Using an All-Atom Solute Model
Notice bibliographique
Résumé
For the four thermodynamic states: temperature T = 283.15, 298.15, 313.15, and 328.15 K and the corresponding bulk water density ρ = 0.9997, 0.9970, 0.9922, and 0.9875 g cm -3, for which experimental data are available, we have studied hydration structure, hydration thermodynamics, and molecular conformational equilibria for n -butane in water at infinite dilution, by means of the hypernetted chain closure reference interaction site model (HNC−RISM) theory with an all-atom solute model. The hydration structures of the trans and the gauche conformers of n -butane are presented and analyzed at the atomic level in terms of the atomic solute−solvent radial distribution functions. With these radial distribution functions as input, the n -butane conformational average hydration free energies, energies, enthalpies, and entropies are calculated. At room temperature, the normalized equilibrium distribution of n -butane conformers, the water solvent-induced rotational free energy surface and the trans − gauche and trans − cis cavity thermodynamic properties are calculated. With the optimized nonbonded potential parameters based on the CHARMM96 all-atom model for alkanes (Yin, D.; Mackerell, A. D., Jr. J. Comput. Chem. 1998, 19, 334), n -butane hydration thermodynamics and its conformational equilibria in water are well described by the HNC−RISM theory in comparison with the available experimental and computer simulation results. We also calculated the solute density derivatives of the water−water radial distribution functions δ h vv, with the optimized CHARMM96 all-atom model, the united-atom OPLS (optimized potentials for liquid simulations), and the all-atom OPLS models for n -butane, respectively. The δ h vv ( r ) reflect the effect of increased pressure disrupting the hydrogen bonding between water molecules. The all-atom model seems to enhance such an effect due to the well-documented shortcoming of the RISM theory in the treatment of the excluded volume of so-called auxiliary sites.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».