Identification of differentially expressed genes in fibroblasts derived from patients with Dupuytren's Contracture
Pourquoi ce travail est dans la base
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Notice bibliographique
Résumé
Dupuytren's contracture (DC) is the most common inherited connective tissue disease of humans and is hypothesized to be associated with aberrant wound healing of the palmar fascia. Fibroblasts and myofibroblasts are believed to play an important role in the genesis of DC and the fibroproliferation and contraction that are hallmarks of this disease. This study compares the gene expression profiles of fibroblasts isolated from DC patients and controls in an attempt to identify key genes whose regulation might be significantly altered in fibroblasts found within the palmar fascia of Dupuytren's patients. Total RNA isolated from diseased palmar fascia (DC) and normal palmar fascia (obtained during carpal tunnel release; 6 samples per group) was subjected to quantitative analyses using two different microarray platforms (GE Code Linktrade mark and Illuminatrade mark) to identify and validate differentially expressed genes. The data obtained was analyzed using The Significance Analysis of Microarrays (SAM) software through which we identified 69 and 40 differentially regulated gene transcripts using the CodeLinktrade mark and Illuminatrade mark platforms, respectively. The CodeLinktrade mark platform identified 18 upregulated and 51 downregulated genes. Using the Illuminatrade mark platform, 40 genes were identified as downregulated, eleven of which were identified by both platforms. Quantitative RT-PCR confirmed the downregulation of three high-interest candidate genes which are all components of the extracellular matrix: proteoglycan 4 (PRG4), fibulin-1 (FBLN-1) transcript variant D, and type XV collagen alpha 1 chain. Overall, our study has identified a variety of candidate genes that may be involved in the pathophysiology of Dupuytren's contracture and may ultimately serve as attractive molecular targets for alternative therapies.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle