Abstract 1336: A population-based study of Transforming Growth Factor-Beta1 (TGFB1) polymorphisms and risk of breast cancer.
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Transforming growth factor-beta1 (TGFB1) is a multifunctional cytokine that may play an important role in the development and progression of cancer. The results of a number of association studies of TGFB1 polymorphisms and breast cancer risk are inconclusive. This study examined 4 single nucleotide polymorphisms (SNPs) in TGFB1 and risk of breast cancer using data previously collected from a population based case-control study (n=307 cases and 664 controls) of Caucasian women conducted in Northeastern Ontario, Canada. The SNPs (rs8179181, rs8110090, rs1800470 (L10P), rs1800469 (-509C/T)) were selected as either tag SNPs or had been identified as potentially functional in other studies, and were analysed using Taqman genotyping assays. Two of the SNPs were at the 5’ end (rs1800469 (-509C/T), rs1800470) and were in high LD (D’ 0.98); the remaining SNPs (rs8179181, rs8110090) were at the 3’ end and were also in high LD (D’ 0.99). In single-SNP analyses, the variant homozygous genotypes in rs1800470 (CC) and rs8179181 (AA) were significantly protective in the codominant model with Odds Ratios (OR) and 95% Confidence Intervals (95% CIs) of 0.63 (0.40-0.99) and 0.45 (0.21-0.96), while the AG genotype of rs8110090 was significantly associated with increased breast cancer risk with an OR of 1.78 (95% CI 1.14-2.77). Of the seven estimated haplotypes, 3 were significantly protective for breast cancer; when compared to the referent haplotype (see Table). In conclusion, our results suggest that SNPs at both the 3’ and 5’ end of TGFB1 may be associated with risk of breast cancer, and future studies examining additional polymorphisms in these regions would be valuable. Haplotype association with breast cancer risk (n = 969; Global Haplotype Association p-value 0.0021)rs8179181rs8110090rs1800470rs1800469FrequencyOR (95% CI)P-value1GATC0.40281.002GACT0.23870.73 (0.55–0.97)0.033AATC0.17280.67 (0.48–0.93)0.0174GACC0.06710.49 (0.30–0.81)0.00545AACT0.0560.55 (0.30–1.00)0.0526GGTC0.02981.00 (0.48–2.09)0.997GGCT0.02271.82 (0.82–4.06)0.14 Citation Format: Mary A. Bewick, Michael SC Conlon. A population-based study of Transforming Growth Factor-Beta1 (TGFB1) polymorphisms and risk of breast cancer. [abstract]. In: Proceedings of the 104th Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2013 Apr 6-10; Washington, DC. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2013;73(8 Suppl):Abstract nr 1336. doi:10.1158/1538-7445.AM2013-1336
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».