Multiple mutations at the active site of naphthalene dioxygenase affect regioselectivity and enantioselectivity
Notice bibliographique
Résumé
The importance of five amino acids at the active site of the multicomponent naphthalene dioxygenase (NDO) system was determined by generating site-directed mutations in various combinations. The substrate specificities of the mutant enzymes were tested with the substrates indole, indoline, 2-nitrotoluene (2NT), naphthalene, biphenyl, and phenanthrene. Transformation of these substrates measured the ability of the mutant enzymes to catalyze dioxygenation, monooxygenation, and desaturation reactions. In addition, the position of oxidation and the enantiomeric composition of products were characterized. All enzymes with up to three amino acid substitutions were able to catalyze dioxygenation reactions. A subset of these enzymes could also catalyze the monooxygenation of 2NT and desaturation of indoline. Single amino acid substitutions at positions 352 and 206 had the most profound effects on product formation. Of the single mutations made, only changes at position 352 affected the stereochemistry of naphthalene cis-dihydrodiol formed from naphthalene, but in the presence of the F352I mutation, changes at positions 206 and 295 also affected enantioselectivity. Major shifts in regioselectivity with biphenyl and phenanthrene resulted with several of the singly, doubly, and triply mutated enzymes. A new product not formed by the wild-type enzyme, phenanthrene cis-9,10-dihydrodiol, was formed as a major product from phenanthrene by enzymes with two (A206I/F352I) or three amino acid substitutions (A206I/F352I/H295I). The results indicate that a variety of amino acid substitutions are tolerated at the active site of NDO.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».