Characterization of <i>Fusarium avenaceum</i> from lupin in central Alberta: genetic diversity, mating type and aggressiveness
Notice bibliographique
Résumé
Root rot, caused by Fusarium avenaceum (teleomorph: Gibberella avenacea), is an important disease of lupin (Lupinus angustifolius) and other crops in western Canada. Fusarium isolates collected from infected roots of lupin in central Alberta were characterized using two RAPD primers, three microsatellite-primed PCR markers, diagnostic primers for putative mating type, sequence comparison of the translation elongation factor 1α (EF1α) and internal transcribed spacer (ITS) region, and assessments of aggressiveness on lupin seedlings. The teleomorph phase of F. avenaceum has been reported only twice in the world, but both mating types were found throughout the province. Isolates of mating type 2 were slightly more aggressive than mating type 1 on five lupin cultivars. All 42 isolates of F. avenaceum assessed in this study had a unique multilocus genotype, which indicates a high level of genotypic diversity in the pathogen population. Cluster analysis did not reveal an association between the geographic location of the isolates and genetic relatedness based on genetic markers. Instead, the F. avenaceum isolates divided into two distinct groups, with isolates from both groups occurring together at many sites. Phylogenetic analysis also revealed high diversity and the presence of some European-like isolates within the Canadian pathogen population. The high genotypic diversity of isolates and the presence of both mating types across sites provide an indication that sexual reproduction may occur within populations of F. avenaceum in Alberta.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».