<i>PTEN</i> genomic deletions that characterize aggressive prostate cancer originate close to segmental duplications
Notice bibliographique
Résumé
Deletion of PTEN at 10q23.3 occurs in ∼40% of human prostate cancers and is associated with aggressive metastatic potential, poor prognosis, and androgen-independence. This high frequency of recurrent PTEN deletions in prostate cancer suggests there may be unusual genomic features close to this locus that facilitate DNA alteration at 10q23.3. To explore possible mechanisms for deletions in the PTEN region, a meta-analysis of 311 published human genome array datasets was conducted and determined that the minimal prostate cancer-associated deletion at 10q23.3 corresponds to ∼2.06 MB region flanked by BMPR1A and FAS. On a separate cohort comprising an additional 330 tumors, four-color fluorescence in situ hybridization analysis using probes for BMPR1A, FAS, cen(10), and PTEN showed that 132 of 330 (40%) tumors had PTEN loss, 50 (15%) of which were homozygous losses (comprising in total 100 deletion events). Breakpoints between PTEN and BMPR1A or FAS were subsequently mapped in 100 homozygous and 82 hemizygous PTEN losses, revealing that 125/182 PTEN microdeletions occurred within the 940 kB interval between BMPR1A and PTEN. Furthermore, this breakpoint interval coincides with a repeat-rich region of 414 kB containing the SD17 and SD18 segmental duplications, which contain at least 13 homologous inverted repeat sequences. Together, these data suggest that a strong selective growth advantage for loss of PTEN and upregulation of PI3K/AKT, combined with the close proximity of PTEN to a large unstable segment of repeated DNA comprising SD17 and SD18, can lead to recurrent microdeletions of the PTEN gene in prostate cancer. © 2011 Wiley Periodicals, Inc.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».