Side Chain Assignments of Ile δ1 Methyl Groups in High Molecular Weight Proteins: an Application to a 46 ns Tumbling Molecule
Notice bibliographique
Résumé
A sensitive 3D NMR pulse scheme, (H)C(CA)NH-COSY, is presented for the assignment of (13)C(delta)(1) Ile chemical shifts in large perdeuterated, methyl-protonated proteins. The nonlinearity of branched amino acids, such as Ile, significantly degrades the quality of TOCSY schemes which transfer magnetization from methyl carbons to the backbone (13)C(alpha) positions, and in applications to high molecular weight proteins (correlation times on the order of 40-50 ns), this compromises the sensitivity of spectra used for methyl assignment. The experiment presented utilizes COSY-based transfer steps and refocuses undesirable (13)C-(13)C scalar couplings that degrade the efficiency of TOCSY transfers. The (H)C(CA)NH-COSY scheme is tested on an (15)N,(13)C,(2)H-[Leu, Val, Ile (delta 1 only)]-methyl-protonated maltose binding protein (MBP)/beta-cyclodextrin complex at 5 degrees C (molecular tumbling time 46 +/- 2 ns), facilitating the assignment of (13)C(delta 1) chemical shifts for 18 of the 19 Ile residues for which backbone assignments were previously obtained. Both sensitivity and resolution of the resulting spectra are shown to be significantly better than those for a similar TOCSY-based approach.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».