Data mining, ab initio, and molecular mechanics study on conformation of phenylalanine and its interaction with neighboring backbone amide groups in proteins
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Data mining results for 1029 X‐ray protein structures demonstrate that there are, on average, more than nine phenylalanine residues in a typical protein structure. Moreover, the conformations of these phenylalanine residues are not arbitrary but fall into four regular types. These four phenylalanine conformational types can be related to the interaction between the phenylalanine's phenyl group and its neighboring backbone amide groups. They are designated as “Aphe,” “Cphe,” “ACphe,” and “NACphe,” respectively, depending on the presence and absence of such phenyl–amide interactions. It is shown that 96.2% of the phenylalanine residues occurring in proteins fall into the first three types, which involve one or two types of these interactions. The side chain and associated backbone fragment of each phenylalanine type have characteristic conformational regularities. The interaction potential energy surfaces of these interactions were exhaustively and systematically evaluated by means of the validated CHARMm force field. We show that this force field produces interaction energies comparable to BSSE‐corrected values calculated using MP2/6‐311G(2d,2p) and MP2/6‐31+G(2d,p). The phenyl–amide interactions occurring in proteins have configurations corresponding to a stabilization energy of up to 11 kJ/mol in vacuum. None occur that would correspond to a phenyl–amide repulsion. We conclude that the phenyl–amide interaction is one of the factors responsible for the conformational regularity of the phenyalanine in proteins and that it is of significance due to its strength and common occurrence. © 2002 Wiley Periodicals, Inc. Int J Quantum Chem, 2002
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».