MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2040000018 · doi:10.1101/pdb.prot5250

In Situ Hybridization on Ant Ovaries and Embryos

2009· article· en· W2040000018 sur OpenAlexaff
Abderrahman Khila, Ehab Abouheif

Notice bibliographique

RevueCold Spring Harbor Protocols · 2009
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueInsect and Arachnid Ecology and Behavior
Établissements canadiensMcGill University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésIn situ hybridizationBiologyDigoxigeninEmbryoBlastodermRNAGeneGene expressionOogenesisCell biologyMolecular biologyOocyteGeneticsEmbryogenesis

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The detection of transcript distribution throughout a fixed tissue is a major step in studying the transcriptional activity of target genes and their function. In situ hybridization specifically detects the spatial distribution of RNA transcripts using an antisense RNA probe. This protocol describes the preparation of digoxigenin-labeled antisense RNA probes and their hybridization to complementary mRNA sequences; expression can then be localized using an antibody against digoxigenin conjugated to a chromogenic enzyme. In ants, this method can be applied to visualize cell populations of interest among other populations in a tissue, such as insect ovaries, or in the whole organism, such as insect embryos. Specific markers (e.g., genes known to be expressed in particular clusters of cells) can be cloned and used as probes to study the distribution and development of germline cells (e.g., nanos, vasa), neurons (repo), or limb structures (e.g., distal-less). Various markers might also allow the study of oogenesis (nanos, par-1, oskar), segmentation in the embryo (e.g., engrailed, wingless), or other developmental processes.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Protocole · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,008
Score d'incertitude au seuil0,025

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0080,004

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,275
Écart entre enseignants0,263 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreProtocole

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations13
Publié2009
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueCold Spring Harbor ProtocolsMême sujetInsect and Arachnid Ecology and BehaviorTravaux en français237 207