Phylogeography and genetic characteristics of a putative secondary-contact zone of the loggerhead shrike in central and eastern North America
Notice bibliographique
Résumé
The loggerhead shrike (Lanius ludovicianus) is found throughout North America in grassland and open scrub habitats. We previously described four loggerhead shrike management units found in central and eastern North America within the geographic ranges of three subspecies, L. l. migrans, L. l. ludovicianus, and L. l. excubitorides. A contact zone has been suggested to occur between L. l. migrans and L. l. excubitorides. The present study uses mitochondrial DNA sequence data to explore historical, ecological, and geographical factors that may have played a role in the genetic differentiation of these four management units, and examines the evidence for and characteristics of the migransexcubitorides contact zone. Geographically discrete, monophyletic clades were not evident, but the distribution of haplotypes (especially those exceeding 10% overall frequency) indicated some phylogeographic structure that perhaps reflects an intermediate stage of differentiation between paraphyly and reciprocal monophyly. The contact zone between L. l. migrans and L. l. excubitorides is supported by the mixing of haplotypes unique to each of the hybridizing populations and intermediate frequencies of common haplotypes. We interpret these patterns as possibly reflecting the impact of both glacial refugial dynamics and anthropogenic changes to habitat in eastern North America.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».