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Enregistrement W2040097794 · doi:10.1099/ijs.0.048678-0

Prosthecate sphingomonads: proposal of Sphingomonas canadensis sp. nov.

2013· article· en· W2040097794 sur OpenAlexaff
Wolf‐Rainer Abraham, Andréia Bergamo Estrela, Manfred Rohde, John Smit, Marc Vancanneyt

Notice bibliographique

RevueINTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY · 2013
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomics and Phylogenetic Studies
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesConselho Nacional de Desenvolvimento Científico e TecnológicoEuropean Commission
Mots-clésBiology16S ribosomal RNASphingomonasBiochemistryStrain (injury)MicrobiologyGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Two stalked, aerobic, catalase- and oxidase-positive rod-shaped isolates, VKM B-1508 ( = CB 258) and FWC47(T), were analysed using a polyphasic approach. While the morphology and the 16S rRNA gene sequence of strain VKM B-1508 were 100% identical to the ones of Sphingomonas leidyi DSM 4733(T), the morphology of FWC47(T) was different, and the closest recognized species were Sphingomonas oligophenolica S213(T) ( = DSM 17107(T)) and Sphingomonas leidyi DSM 4733(T) with 97.2% and 97.0% 16S rRNA gene sequence similarity, respectively. DNA-DNA hybridization studies supported the differentiation of strain FWC47(T) from S. oligophenolica and S. leidyi. Strain FWC47(T) grew optimally at 28-30 °C, and pH 6.0-8.0. The major respiratory quinone was Q10 and the major polyamine was sym-homospermidine. The major fatty acids were C(17:1)ω6c and C(18:1)ω7c and C(15:0) 2-OH was the major 2-hydroxy fatty acid. The major polar lipids were phosphatidylglycerol, diphosphatidylglycerol, phosphatidyldimethylethylamine and unidentified sphingoglycolipids. The G+C content of the genomic DNA of strain FWC47(T) was 67.1 mol%. Strain FWC47(T) differed from S. leidyi by its ability to assimilate l-alanine, maltose and sucrose, by the presence of β-galactosidase and α-chymotrypsin, and the lack of valine arylamidase and β-glucosidase activities. Contrary to S. leidyi, FWC47(T) did not reduce nitrate and could not use fructose, acetate and N-acetyl-glusosamine. In the genus Sphingomonas, the dimorphic life cycle involving a prosthecate sessile and a flagellated swarmer cell was hitherto only known from Sphingomonas leidyi. Therefore, strain FWC47(T) represents an additional distinct prosthecate species in this genus for which the name Sphingomonas canadensis is proposed. The type strain is FWC47(T) ( =LMG 27141(T) =CCUG 62982(T)).

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,534
Score d'incertitude au seuil0,393

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,217
Écart entre enseignants0,209 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations11
Publié2013
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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