Insights into the biochemistry of the ubiquitous NhaP family of cation/H<sup>+</sup> antiportersThis paper is one of a selection of papers published in a Special Issue entitled CSBMCB 53rd Annual Meeting — Membrane Proteins in Health and Disease, and has undergone the Journal’s usual peer review process.
Notice bibliographique
Résumé
Na+/H+ antiporters are integral membrane proteins that exchange Na+ for H+ across the cytoplasmic or organellar membranes of virtually all living cells. They are essential for control of cellular pH, volume homeostasis, and regulation of Na+ levels. Na+/H+ antiporters have become increasingly characterized and are now becoming important drug targets. The recently identified NhaP family of Na+/H+ antiporters, from the CPA1 superfamily, contains proteins with a surprisingly broad collective range of transported cations, exchanging protons for alkali cations such as Na+, Li+, K+, or Rb+ as well as for Ca2+ and, possibly, NH4+. Questions about ion selectivity and the physiological impact of each particular NhaP antiporter are far from trivial. For example, Vc-NhaP2 from Vibrio cholerae has recently been shown to function in vivo as a specific K+/H+ antiporter while retaining the ability to exchange H+ for Na+ and bind (but not exchange with H+) Li+ in a competitive manner. These and other findings reviewed in this communication make antiporters of the NhaP type attractive systems to study intimate molecular mechanisms of cation exchange. In an evolutionary perspective, the NhaP family seems to be a phylogenetic entity undergoing active divergent evolution. In this minireview, to rationalize peculiarities of the cation specificity in the NhaP family, the "size-exclusion principle" and the idea of "ligand shading" are discussed.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».