Development of a multiplex classical polymerase chain reaction technique for detection of <i>Didymella bryoniae</i> in infected cucumber tissues and greenhouse air samples
Notice bibliographique
Résumé
Two sets of primer pairs were evaluated for their usefulness in detecting and identifying Didymella bryoniae (anamorph Phoma cucurbitacearum), causal agent of gummy stem blight, in infected cucumber plant tissues and air samples, using polymerase chain reaction. One primer in each pair was a universal primer that has been used for amplification of septate fungi. The other primer in each pair was an oligonucleotide designed from sequence information in the GenBank database to be specific to D. bryoniae. Each primer pair on its own was specific to genus level, but gave some nonspecific results for other Phoma or Didymella species. However, when these primer pairs were combined in a multiplex PCR, a unique result for D. bryoniae was obtained. The multiplex PCR gave positive results for cucumber tissue infected with D. bryoniae, and negative results for uninfected tissue and for tissue infected with Botrytis cinerea. Positive results were obtained from air samples collected with a rotation impaction sampler situated in a greenhouse containing cucumber plants infected with gummy stem blight. This method is rapid, sensitive, and accurate for detecting and identifying D. bryoniae in pure culture and plant tissue and could be applied to the detection of this organism in air samples. This method, therefore, could be a valuable technique for use in disease prediction.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».