Global analysis of chromosome X gene expression in primary cultures of normal ovarian surface epithelial cells and epithelial ovarian cancer cell lines
Notice bibliographique
Résumé
The interpretation of loss of heterozygosity (LOH) in cancers is complicated as genes that map to LOH regions may be transcriptionally active (Xa) or inactive (Xi) due to X chromosome inactivation (XCI). We have analyzed the chromosome X transcriptome in four epithelial ovarian cancer (EOC) cell lines (TOV21G, TOV81D, TOV112D, and OV90) and 12 primary cultures of normal ovarian surface epithelial (NOSE) cells in relation to chromosome X integrity. Two-way comparative analysis using HuGeneFL Affymetrix GeneChips of TOV21G, TOV81D and OV90 relative to the NOSE samples was highly correlated (> 89%) in contrast to that of TOV112D (56-69%). TOV112D, followed by TOV21G, exhibited the largest number of up-regulated genes. XIST expression by RT-PCR was not detectable in TOV112D or TOV21G. Allele-specific transcription by cDNA sequence analysis of genes known to be subjected to XCI revealed maintenance of XCI in TOV81D and OV90, but not TOV21G. Biallelic expression could not be assessed in TOV112D due to reduction to hemizygosity of chromosome X. Chromosome X rearrangements were observed in FISH analysis of TOV112D and TOV21G, and both of these EOC cell lines were negative for Barr body analysis. The differentially expressed genes did not appear to map to any particular region of the X chromosome in any EOC cell line. The absence of XIST expression is consistent with Barr body loss in TOV112D and TOV21G. The combined evidence is consistent with two proposed mechanisms to account for absence of Xi in female cancers: Xi loss followed by Xa duplication (exemplified by TOV112D) and transcriptional reactivation of Xi (exemplified by TOV21G). Despite an alteration in XIST expression and differences in allelic content in the EOC cell lines, the chromosome X transcriptome was modified modestly when compared with that of NOSE samples.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».