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Enregistrement W2040549344 · doi:10.1111/cge.12605

A homozygous mutation in <i><scp>SLC1A4</scp></i> in siblings with severe intellectual disability and microcephaly

2015· article· en· W2040549344 sur OpenAlexafffund
Myriam Srour, Fadi F. Hamdan, Ziv Gan‐Or, D. Labuda, Christina Nassif, Maryam Oskoui, Mali Gana‐Weisz, Avi Orr‐Urtreger, Guy A. Rouleau, Jacques L. Michaud

Notice bibliographique

RevueClinical Genetics · 2015
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueAmino Acid Enzymes and Metabolism
Établissements canadiensUniversité de MontréalMontreal Neurological Institute and HospitalMcGill UniversityCentre Hospitalier Universitaire Sainte-JustineMontreal Children's Hospital
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health Research
Mots-clésSerineMicrocephalyGeneticsMissense mutationBiologySpasticityAlleleCysteineMutationEndocrinologyMedicineGeneBiochemistryPhosphorylation

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

We performed exome analysis in two affected siblings with severe intellectual disability (ID), microcephaly and spasticity from an Ashkenazi Jewish consanguineous family. We identified only one rare variant, a missense in SLC1A4 (c. 766G>A [p. E256K]), that is homozygous in both siblings but not in any of their 11 unaffected siblings or their parents (Logarithm of odds, LOD score: 2.6). This variant is predicted damaging. We genotyped 450 controls of Ashkenazi Jewish ancestry and identified only 5 individuals who are heterozygous for this variant (minor allele frequency: 0.0056). SLC1A4 (ASCT1) encodes a transporter for neutral aminoacids such as alanine, serine, cysteine and threonine. L-Serine is essential for neuronal survival and differentiation. Indeed, L-serine biosynthesis disorders affect brain development and cause severe ID. In the brain, L-serine is synthesized in astrocytes but not in neurons. It has been proposed that ASCT1 mediates the uptake of L-serine into neurons and the release of glia-borne L-serine to neighboring cells. SLC1A4 disruption may thus impair brain development and function by decreasing the levels of L-serine in neurons. The identification of additional families with mutations in SLC1A4 would be necessary to confirm its involvement in ID.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,338
Score d'incertitude au seuil0,615

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,031
Tête enseignante GPT0,308
Écart entre enseignants0,278 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations49
Publié2015
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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