NMR structure of the active conformation of the Varkud satellite ribozyme cleavage site
Notice bibliographique
Résumé
Substrate cleavage by the Neurospora Varkud satellite (VS) ribozyme involves a structural change in the stem-loop I substrate from an inactive to an active conformation. We have determined the NMR solution structure of a mutant stem-loop I that mimics the active conformation of the cleavage site internal loop. This structure shares many similarities, but also significant differences, with the previously determined structures of the inactive internal loop. The active internal loop displays different base-pairing interactions and forms a novel RNA fold composed exclusively of sheared G-A base pairs. From chemical-shift mapping we identified two Mg2+ binding sites in the active internal loop. One of the Mg2+ binding sites forms in the active but not the inactive conformation of the internal loop and is likely important for catalysis. Using the structure comparison program mc-search, we identified the active internal loop fold in other RNA structures. In Thermus thermophilus 16S rRNA, this RNA fold is directly involved in a long-range tertiary interaction. An analogous tertiary interaction may form between the active internal loop of the substrate and the catalytic domain of the VS ribozyme. The combination of NMR and bioinformatic approaches presented here has identified a novel RNA fold and provides insights into the structural basis of catalytic function in the Neurospora VS ribozyme.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».