Structure–function relationships in calpains
Notice bibliographique
Résumé
Calpains are a family of complex multi-domain intracellular enzymes that share a calcium-dependent cysteine protease core. These are not degradative enzymes, but instead carry out limited cleavage of target proteins in response to calcium signalling. Selective cutting of cytoskeletal proteins to facilitate cell migration is one such function. The two most abundant and extensively studied members of this family in mammals, calpains 1 and 2, are heterodimers of an isoform-specific 80 kDa large subunit and a common 28 kDa small subunit. Structures of calpain-2, both Ca2+-free and bound to calpastatin in the activated Ca2+-bound state, have provided a wealth of information about the enzyme's structure-function relationships and activation. The main association between the subunits is the pairing of their C-terminal penta-EF-hand domains through extensive intimate hydrophobic contacts. A lesser contact is made between the N-terminal anchor helix of the large subunit and the penta-EF-hand domain of the small subunit. Up to ten Ca2+ ions are co-operatively bound during activation. The anchor helix is released and individual domains change their positions relative to each other to properly align the active site. Because calpains 1 and 2 require ~30 and ~350 μM Ca2+ ions for half-maximal activation respectively, it has long been argued that autoproteolysis, subunit dissociation, post-translational modifications or auxiliary proteins are needed to activate the enzymes in the cell, where Ca2+ levels are in the nanomolar range. In the absence of robust support for these mechanisms, it is possible that under normal conditions calpains are transiently activated by high Ca2+ concentrations in the microenvironment of a Ca2+ influx, and then return to an inactive state ready for reactivation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».