Technical Note: Fiducial markers for correlation of whole‐specimen histopathology with MR imaging at 7 tesla
Notice bibliographique
Résumé
PURPOSE: There is increasing interest in the registration of 3-D histopathology with 3-D in vivo imaging, for example, to validate tumor boundary delineation for targeted radiation cancer therapy. However, accurate correlation is compromised by tissue distortion induced by histopathological processing. Reference landmarks that are visible in both data sets are required. In this study, two iridescent acrylic paints, "Bronze" (containing iron oxide coated mica particles) and "Stainless Steel" (containing iron, chromium, and nickel), were evaluated for creating MRI-visible and histology-visible fiducial markers at 7 T, where resolution is more similar to histology, but artifacts are accentuated. Furthermore, a straight-line paint-track fiducial method was developed to assist in registration and 3-D histopathology reconstruction. METHODS: First, the paints were injected into ex vivo porcine tissue samples, which were MR imaged prefixation and postfixation, and subsequently prepared for hematoxylin and eosin staining to verify stability through histopathological processing. Second, the severity of marker susceptibility artifacts produced was compared while using spin-echo and gradient-echo MRI pulse sequences. Finally, multiple paint tracks were injected prefixation through an ex vivo canine prostate sample to validate the potential for line-based registration between MR images of prefixation and postfixation tissue and whole mount histology slides. RESULTS: The Stainless Steel paint produced excessive susceptibility artifacts and image distortion, while the Bronze paint created stable and appropriate markers in MRI and histology. The Bronze paint produced artifacts approximately three times larger in gradient-echo than in spin-echo MR images. Finally, the paint-track fiducials were visible in the prefixation and postfixation MRI and on whole mount histology. CONCLUSIONS: The Bronze iridescent acrylic paint is appropriate for fiducial marker creation in MRI at 7 T. The straight-line paint-track fiducials may assist 3-D histopathology reconstruction and can provide important information on the deformation effects of fixation, and hence may improve registration accuracy.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,015 | 0,028 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,014 | 0,011 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».