High definition cytogenetics and oligonucleotide aCGH analyses of cisplatin‐resistant ovarian cancer cells
Notice bibliographique
Résumé
Array comparative genomic hybridization (aCGH) is a key platform to assess cancer genomic profiles. Many structural genomic aberrations cannot be detected by aCGH alone. We have applied molecular cytogenetic analyses including spectral karyotyping, multicolor banding, and fluorescence in situ hybridization with aCGH to comprehensively investigate the genomic aberrations associated with cisplatin resistance in A2780 ovarian cancer cells. A2780 is a well-established model of chemotherapeutic resistance with distinct karyotypic abnormalities in the parental and cisplatin-resistant cells. Cytogenetic analysis revealed that two unbalanced translocations, der(8)t(1;8) and der(X)t(X;1), and loss of chromosome 13 were present only in the resistant line. Our aCGH analyses detected imbalances affecting an additional 10.59% of the genome in the cisplatin-resistant cells compared with the parental. DNA copy number changes included deletions at 1p10-p22.1, 8p23.3, and Xq13.1-pter, and a duplication of 8q11.22-q23. Cryptic genomic aberrations associated with concurrent localized changes of specific gene expression included a homozygous deletion of 0.38 Mb at 1p21.3 adjacent to SNX7, and an insertional transposition of 0.85 Mb from 13q12.12 into chromosome 22. This latter rearrangement led to an overexpression of four contiguous genes that flanked one of the breakpoint regions in chromosome 13. Furthermore, 17 genes showed differential expression correlating with genomic gain or loss between the resistant and parent lines, validated by a second expression array platform. These results highlight the integration of comprehensive profiling to determine relationships of genomic aberrations and genes associated with an in vitro drug resistance model in ovarian cancer. This article contains Supplementary Material available at http://www.interscience.wiley.com/jpages/1045-2257/suppmat.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».