YLL031c Belongs to a Novel Family of Membrane Proteins Involved in the Transfer of Ethanolaminephosphate onto the Core Structure of Glycosylphosphatidylinositol Anchors in Yeast
Notice bibliographique
Résumé
MCD4 and GPI7 are important for the addition of glycosylphosphatidylinositol (GPI) anchors to proteins in the yeast Saccharomyces cerevisiae. Mutations in these genes lead to a reduction of GPI anchoring and cell wall fragility. Gpi7 mutants accumulate a GPI lipid intermediate of the structure Manalpha1-2[NH(2)-(CH(2))(2)-PO(4)-->]Manalpha1-2Manalpha 1-6[NH(2)-(C H(2))(2)-PO(4)-->]Manalpha1-4GlcNalpha1-6[acyl-->]inositol-P O(4)-lipi d, which, in comparison with the complete GPI precursor lipid CP2, lacks an HF-sensitive side chain on the alpha1-6-linked mannose. In contrast, mcd4-174 accumulates only minor amounts of abnormal GPI intermediates. Here we investigate whether YLL031c, an open reading frame predicting a further homologue of GPI7 and MCD4, plays any role in GPI anchoring. YLL031c is an essential gene. Its depletion results in a reduction of GPI anchor addition to GPI proteins as well as to cell wall fragility. YLL031c-depleted cells accumulate GPI intermediates with the structures Manalpha1-2Manalpha1-2Manalpha1-6[NH(2)-(CH(2))(2)-PO( 4)-->]Manalpha1 -4GlcNalpha1-6[acyl-->]inositol-PO(4)-lipid and Manalpha1-2Manalpha1-2Manalpha1-6Manalpha1-4G lcNalpha1-6[acyl-->]inos itol-PO(4)-lipid. Subcellular localization studies of a tagged version of YLL031c suggest that this protein is mainly in the ER, in contrast to Gpi7p, which is found at the cell surface. The data are compatible with the idea that YLL031c transfers the ethanolaminephosphate to the inner alpha1-2-linked mannose, i.e. the group that links the GPI lipid anchor to proteins, whereas Mcd4p and Gpi7p transfer ethanolaminephosphate onto the alpha1-4- and alpha1-6-linked mannoses of the GPI anchor, respectively.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».