Faba Bean: Transcriptome Analysis from Etiolated Seedling and Developing Seed Coat of Key Cultivars for Synthesis of Proanthocyanidins, Phytate, Raffinose Family Oligosaccharides, Vicine, and Convicine
Notice bibliographique
Résumé
Faba bean ( Vicia faba L.) has been little examined from a genetic or genomic perspective despite its status as an established food and forage crop with some key pharmaceutical factors such as vicine and convicine (VC), which provoke severe haemolysis in genetically susceptible humans. We developed next‐generation sequencing libraries to maximize information to elucidate the VC pathway or relevant markers as well as other genes of interest for the species. One selected cultivar, A01155, lacks synthesis of the favism‐provoking factors, VC, and is low in tannin, while two cultivars, SSNS‐1 and CDC Fatima, are wild‐type for these factors. Tissues (5‐ to 6‐d‐old root and etiolated shoot and developing seed coat) were selected to maximize the utility and breadth of the gene expression profile. Approximately 1.2 × 10 6 expressed transcripts were sequenced and assembled into contigs. The synthetic pathways for phosphatidylinositol or phytate, the raffinose family oligosaccharides, and proanthocyanidin were examined and found to contain nearly a full complement of the synthetic genes for these pathways. A severe deficiency in anthocyanidin reductase expression was found in the low‐tannin cultivar A01155. Approximately 5300 variants, including 234 variants specific to one of the three cultivars, were identified. Differences in expression and variants potentially related to VC synthesis were analyzed using strategies exploiting differences in expression between cultivars and tissues. These sequences should be of high utility for marker‐assisted selection for the key traits vicine, convicine, and proanthocyanidin, and should contribute to the scant genetic maps available for this species.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».