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Enregistrement W2040992657 · doi:10.1371/journal.pone.0104684

Clonal Expansion of the Pseudogymnoascus destructans Genotype in North America Is Accompanied by Significant Variation in Phenotypic Expression

2014· article· en· W2040992657 sur OpenAlexafffundabout
Jordan Khankhet, Karen J. Vanderwolf, Donald F. McAlpine, Scott McBurney, David P. Overy, Ðurđa Slavić, Jianping Xu

Notice bibliographique

RevuePLoS ONE · 2014
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueBat Biology and Ecology Studies
Établissements canadiensUniversity of GuelphUniversity of Prince Edward IslandUniversity of New BrunswickNautilus Biosciences (Canada)Canadian Wildlife FederationMcMaster University
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaParks Canada
Mots-clésBiologyGenotypeGenetic variationPhenotypeMultilocus sequence typingGenetic variabilityGeneticsZoologyGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Pseudogymnoascus destructans is the causative agent of an emerging infectious disease that threatens populations of several North American bat species. The fungal disease was first observed in 2006 and has since caused the death of nearly six million bats. The disease, commonly known as white-nose syndrome, is characterized by a cutaneous infection with P. destructans causing erosions and ulcers in the skin of nose, ears and/or wings of bats. Previous studies based on sequences from eight loci have found that isolates of P. destructans from bats in the US all belong to one multilocus genotype. Using the same multilocus sequence typing method, we found that isolates from eastern and central Canada also had the same genotype as those from the US, consistent with the clonal expansion of P. destructans into Canada. However, our PCR fingerprinting revealed that among the 112 North American isolates we analyzed, three, all from Canada, showed minor genetic variation. Furthermore, we found significant variations among isolates in mycelial growth rate; the production of mycelial exudates; and pigment production and diffusion into agar media. These phenotypic differences were influenced by culture medium and incubation temperature, indicating significant variation in environmental condition--dependent phenotypic expression among isolates of the clonal P. destructans genotype in North America.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,044
Score d'incertitude au seuil0,088

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,023
Tête enseignante GPT0,186
Écart entre enseignants0,164 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations43
Publié2014
Routes d'admission3
Résumé présentoui

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