Protonation of guanine quartets and quartet stacks: insights from DFT studies
Notice bibliographique
Résumé
Density functional theory methods have been used to investigate the effects of adding one to four protons to a one-plane guanine quartet (G4) and a two-plane guanine quartet stack (2G4). The singly protonated G4 complex prefers protonation at the Watson-Crick face of the O6 moiety. However, all multi-protonated G4 complexes favour protonation at the Hoogsteen face of the O6 centres. The proton affinities have also been calculated for the addition of one, two, three and four protons to the central oxygens of G4 and have been compared with those of monomeric guanine and other biochemically appropriate bases. These results suggest that a G4 might reasonably readily accept two protons. For the singly to quadruply protonated 2G4's, the added protons prefer to distribute over both planes with maximally two per plane. Furthermore, unlike the (G4-nH+) n>or= 2 complexes, protonation at the Watson-Crick faces of the O6 moieties is found to be preferred for all protonation states. In addition, (2G4-nH+) n=1-4 complexes were also obtained in which inter-plane hydrogen bonds were formed, effectively enabling the protons to 'sit between' planes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».