<i>raf</i> RBD and Ubiquitin Proteins Share Similar Folds, Folding Rates and Mechanisms Despite Having Unrelated Amino Acid Sequences
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Recent experimental and theoretical studies in protein folding suggest that the rates and underlying mechanisms by which proteins attain the native state are largely determined by the topological complexity of a specific fold rather than by the fine details of the amino acid sequences. However, such arguments are based upon the examination of a limited number of protein folds. To test this view, we sought to investigate whether proteins belonging to the ubiquitin superfamily display similar folding behavior. To do so, we compared the folding-unfolding transitions of mammalian ubiquitin (mUbi) with those of its close yeast homologue (yUbi), and to those of the structurally related Ras binding domain (RBD) of the serine/threonine kinase raf that displays no apparent sequence homology with the ubiquitin family members. As demonstrated for mUbi [Krantz, B. A., and Sosnick, T. R. (2000) Biochemistry 39, 11696-11701], we show that a two-state transition model with no burst phase intermediate can describe folding of both yUbi and raf RBD. We further demonstrate that (1) all three proteins refold at rates that are within 1 order of magnitude (1800, 1100, and 370 s(-1) for mUbi, raf RBD, and yUbi, respectively), (2) both mUbi and raf RBD display similar refolding heterogeneity, and (3) the folding free energy barriers of both mUbi and raf RBD display a similar temperature dependence and sensitivity to a stabilizing agent or to mutations of a structurally equivalent central core residue. These findings are consistent with the view that rates and mechanisms for protein folding depend mostly on the complexity of the native structure topology rather than on the fine details of the amino acid sequence.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle