Characterization of the red knot (<i>Calidris canutus</i>) mitochondrial control region
Notice bibliographique
Résumé
We sequenced the complete mitochondrial control regions of 11 red knots (Calidris canutus). The control region is 1168 bp in length and is flanked by tRNA glutamate (glu) and the gene ND6 at its 5' end and tRNA phenylalanine (phe) and the gene 12S on its 3' end. The sequence possesses conserved sequence blocks F, E, D, C, CSB-1, and the bird similarity box (BSB), as expected for a mitochondrial copy. Flanking tRNA regions show correct secondary structure, and a relative rate test indicated no significant difference between substitution rates in the sequence we obtained versus the known mitochondrial sequence of turnstones (Charadriiformes: Scolopacidae). These characteristics indicate that the sequence is mitochondrial in origin. To confirm this, we sequenced the control region of a single individual using both purified mitochondrial DNA and genomic DNA. The sequences were identical using both methods. The sequence and methods presented in this paper may now serve as a reference for future studies using knot and other avian control regions. Furthermore, the discovery of five variable sites in 11 knots towards the 3' end of the control region, and the variability of this region in contrast to the more conserved central domain in the alignment between knots and other Charadriiformes, highlights the importance of this area as a source of variation for future studies in knots and other birds.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».