Genetic Determinants of Coxsackievirus B3 Pathogenesis
Notice bibliographique
Résumé
The development of high throughput genomic and bioinformatic analysis tools, coupled with established molecular techniques, has allowed new insights into the pathogenesis of infectious diseases. In humans, coxasackievirus B3 (CVB3) is the primary etiological agent of viral myocarditis, an inflammatory disease process involving the heart muscle. Early host cellular survival and apoptotic mechanisms during viral infections, as well as immune events, affect myocarditis progression and outcome. Therefore, our laboratory has been keenly interested in infectomics, defined here as the transcriptional events of both virus and host. We first elucidated up- or downregulated transcriptional activities in CVB3-infected hearts by mRNA differential display. Further characterization of these regulated genes including Nip21, IP10, and IGTPase, and study of their role in CVB3-infection are underway. In further dissection of the stages of myocarditis-peak viremia, inflammatory infiltration and tissue repair-we used cDNA microarrays to probe differential gene expression in the myocardium following virus infection. Following virus infection, there are global decreases in metabolic and mitochondrial genes, increases in signaling genes and distinctive patterns in other functional groups. To establish early gene expression profiles in infected cells by themselves, we also used oligonucleotide arrays in an in vitro model of CVB3 infection. Notably, we have found increased expression of transcription factors c-fos and c-jun down-stream of extracellular signal-related kinase, a pathway which is crucial for virus replication and pathogenesis. Our investigations based on gene profiling following CVB3 infection have thus far been fruitful in providing new experimental leads. High throughput genetic analysis has allowed us to simultaneously try on greater than 12,000 potential genetic "glass slippers." Our in vitro experimental plan has enabled us to chart prominent patterns of gene expression, analyzed by novel bioinformatic approaches, and to separate varied and potentially significant gene expression events.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».