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Enregistrement W2042238125 · doi:10.1111/jen.12114

Real‐time <scp>PCR</scp> for identification of the soybean aphid, <i>Aphis glycines</i> Matsumura

2014· article· en· W2042238125 sur OpenAlexafffund
Amanda M. Naaum, Robert G. Foottit, H.E.L. Maw, Robert Hanner

Notice bibliographique

RevueJournal of Applied Entomology · 2014
Typearticle
Langueen
DomaineAgricultural and Biological Sciences
ThématiqueInsect-Plant Interactions and Control
Établissements canadiensAgriculture and Agri-Food CanadaUniversity of Guelph
Organismes subventionnairesAgriculture and Agri-Food CanadaOntario Ministry of Agriculture, Food and Rural AffairsWashington State University
Mots-clésSoybean aphidBiologyAphidPEST analysisDNA barcodingDNA extractionAphisIdentification (biology)BarcodeBiotechnologyPolymerase chain reactionAphididaeBotanyHomopteraGeneGeneticsEcologyComputer science

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract The soybean aphid ( Aphis glycines Matsumura) is an economically significant pest in North America, causing extensive damage to soybean crops through direct feeding damage and disease transmission. If unchecked, this pest could cause billions of dollars of damage to soybean crops. Identification of the soybean aphid can be difficult due to its small size, complex life cycle and morphological plasticity. Generally, an expert is required to identify a specimen. Additionally, identification of some life stages, such as eggs, is impossible. DNA barcoding has been successfully used to differentiate aphid species, including A. glycines, based on sequencing of a standardized gene region. Although this method represents an important step towards accurate identification, samples must still be sent to specialized facilities for analysis. Using existing DNA barcode sequences in the publically accessible Barcode of Life Data System ( BOLD ; www.boldsystems.org ), species‐specific differences were identified and used to develop a real‐time PCR assay to identify soybean aphids. This assay can be run on portable systems for rapid, accurate and simple identification in the field. The use of a non‐destructive DNA extraction protocol allows the original insect to be vouchered and therefore available for further study if necessary. This work represents an important step in soybean aphid management.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,403
Score d'incertitude au seuil0,142

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,210
Écart entre enseignants0,202 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations10
Publié2014
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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