Revision of lignicolous Tubeufiaceae based on morphological reexamination and phylogenetic analysis
Notice bibliographique
Résumé
In this paper we revisit the family Tubeufiaceae with notes on genera that we have re-examined where possible. Generic type specimens of Acanthophiobolus, Kamalomyces, Podonectria, Thaxteriella and Thaxteriellopsis were re-examined, described and illustrated and shown to belong to Tubeufiaceae . Notes are provided on Acanthostigma, Chaetosphaerulina, Thaxterina and Tubeufia , which are retained in Tubeufiaceae ; however, we were unable to locate the types of these genera during the time frame of this study. Allonecte is excluded from the Tubeufiaceae , as the ascospores are fusiform-ellipsoidal, grey-brown and 1-septate and the asci are cylindrical, all of which are features more typical of Pleosporaceae , where it is transferred. Byssocallis has yellow to orange ascomata and clavate ascospores which is atypical of Tubeufiaceae . Thus its taxonomic status needs to be reevaluated. Lentendraeopsis has an endophytic habit, cylindro-clavate asci and two-celled ascospores more typical of Pleosporales , where it is transferred. Taphrophila has small ascomata, a thin peridium, branching setae around the apex of the ascomata, clavate to saccate asci and lacks pseudoparaphyses. These are features atypical of the Tubeufiaceae , and Taphrophila should be placed in the Dothideomycetes incertae cedis. Twelve new collections of Tubeufiaceae from Thailand were isolated, and their DNA was extracted. The sequence data of LSU, SSU and ITS rDNA were amplified and analyzed using parsimony and likelihood methods. The results of phylogenetic analysis was used to establish the inter-generic relationships in Tubeufiaceae. Thaxteriellopsis lignicola, epitypified in this investigation, is a sister taxon in the family Tubeufiaceae based on phylogenetic analysis of rRNA sequence data. Chlamydotubeufia is introduced as a new genus based on the production of dictyochlamydosporous anamorphs, including two new species. Three new species, one each in Acanthostigma , Tubeufia and Thaxteriella are also described and illustrated. The phylogenetic placement of these genera is also discussed.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,002 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».