Complete genome sequence of hypervirulent and outbreak-associated Acinetobacter baumannii strain LAC-4: epidemiology, resistance genetic determinants and potential virulence factors
Notice bibliographique
Résumé
Acinetobacter baumannii is an important human pathogen due to its multi-drug resistance. In this study, the genome of an ST10 outbreak A. baumannii isolate LAC-4 was completely sequenced to better understand its epidemiology, antibiotic resistance genetic determinants and potential virulence factors. Compared with 20 other complete genomes of A. baumannii, LAC-4 genome harbors at least 12 copies of five distinct insertion sequences. It contains 12 and 14 copies of two novel IS elements, ISAba25 and ISAba26, respectively. Additionally, three novel composite transposons were identified: Tn6250, Tn6251 and Tn6252, two of which contain resistance genes. The antibiotic resistance genetic determinants on the LAC-4 genome correlate well with observed antimicrobial susceptibility patterns. Moreover, twelve genomic islands (GI) were identified in LAC-4 genome. Among them, the 33.4-kb GI12 contains a large number of genes which constitute the K (capsule) locus. LAC-4 harbors several unique putative virulence factor loci. Furthermore, LAC-4 and all 19 other outbreak isolates were found to harbor a heme oxygenase gene (hemO)-containing gene cluster. The sequencing of the first complete genome of an ST10 A. baumannii clinical strain should accelerate our understanding of the epidemiology, mechanisms of resistance and virulence of A. baumannii.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».