Sweeping Capillary Electrophoresis: A Non-Stopped-Flow Method for Measuring Bimolecular Rate Constant of Complex Formation between Protein and DNA
Notice bibliographique
Résumé
We introduce sweeping capillary electrophoresis (SweepCE), a non-stopped-flow method for directly measuring the bimolecular rate constant of complex formation, and demonstrate its use for studying protein-DNA interaction. The capillary is prefilled with a solution of DNA, and electrophoresis is then carried out from a solution of the protein in a continuous mode. Because the electrophoretic mobility of the protein is greater than that of DNA, the protein continuously mixes with DNA and forms the protein-DNA complex. The complex migrates with a velocity higher than that of DNA and causes sweeping of DNA, which gave the name to the method. The bimolecular rate constant, kon, of complex formation can be determined from the time profile of DNA concentration using a simple mathematical model of the sweeping process. In this proof-of-principle work, we used SweepCE to directly measure kon = (3.4 +/- 0.6) x 106 M-1 s-1 for the interaction between single-stranded DNA-binding protein and a 15-mer DNA oligonucleotide. Along with nonequilibrium capillary electrophoresis of equilibrium mixtures (NECEEM), SweepCE establishes a universal and comprehensive platform for studying kinetic and equilibrium parameters of complex formation between biopolymers.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».