Negative Supercoiling Creates Single-Stranded Patches of DNA That Are Substrates for AID–Mediated Mutagenesis
Notice bibliographique
Résumé
Antibody diversification necessitates targeted mutation of regions within the immunoglobulin locus by activation-induced cytidine deaminase (AID). While AID is known to act on single-stranded DNA (ssDNA), the source, structure, and distribution of these substrates in vivo remain unclear. Using the technique of in situ bisulfite treatment, we characterized these substrates-which we found to be unique to actively transcribed genes-as short ssDNA regions, that are equally distributed on both DNA strands. We found that the frequencies of these ssDNA patches act as accurate predictors of AID activity at reporter genes in hypermutating and class switching B cells as well as in Escherichia coli. Importantly, these ssDNA patches rely on transcription, and we report that transcription-induced negative supercoiling enhances both ssDNA tract formation and AID mutagenesis. In addition, RNaseH1 expression does not impact the formation of these ssDNA tracts indicating that these structures are distinct from R-loops. These data emphasize the notion that these transcription-generated ssDNA tracts are one of many in vivo substrates for AID.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».