Functional variants regulating LGALS1 (Galectin 1) expression affect human susceptibility to influenza A(H7N9)
Notice bibliographique
Résumé
The fatality of avian influenza A(H7N9) infection in humans was over 30%. To identify human genetic susceptibility to A(H7N9) infection, we performed a genome-wide association study (GWAS) involving 102 A(H7N9) patients and 106 heavily-exposed healthy poultry workers, a sample size critically restricted by the small number of human A(H7N9) cases. To tackle the stringent significance cutoff of GWAS, we utilized an artificial imputation program SnipSnip to improve the association signals. In single-SNP analysis, one of the top SNPs was rs13057866 of LGALS1. The artificial imputation (AI) identified three non-genotyped causal variants, which can be represented by three anchor/partner SNP pairs rs13057866/rs9622682 (AI P = 1.81 × 10(-7)), rs4820294/rs2899292 (2.13 × 10(-7)) and rs62236673/rs2899292 (4.25 × 10(-7)) respectively. Haplotype analysis of rs4820294 and rs2899292 could simulate the signal of a causal variant. The rs4820294/rs2899292 haplotype GG, in association with protection from A(H7N9) infection (OR = 0.26, P = 5.92 × 10(-7)) correlated to significantly higher levels of LGALS1 mRNA (P = 0.050) and protein expression (P = 0.025) in lymphoblast cell lines. Additionally, rs4820294 was mapped as an eQTL in human primary monocytes and lung tissues. In conclusion, functional variants of LGALS1 causing the expression variations are contributable to the differential susceptibility to influenza A(H7N9).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».