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Enregistrement W2042834223 · doi:10.1021/jp036981u

Molecular Dynamics Simulation of a Polyunsaturated Lipid Bilayer Susceptible to Lipid Peroxidation

2004· article· en· W2042834223 sur OpenAlexaff
Michal Bachar, Patrick Brunelle, D. Peter Tieleman, Arvi Rauk

Notice bibliographique

RevueThe Journal of Physical Chemistry B · 2004
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueLipid Membrane Structure and Behavior
Établissements canadiensUniversity of Calgary
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésPolyunsaturated fatty acidLipid bilayerChemistryBilayerLipid peroxidationMolecular dynamicsBiophysicsArachidonic acidDocosahexaenoic acidMembraneDegree of unsaturationPhosphatidylcholineBiochemistryComputational chemistryFatty acidOrganic chemistryAntioxidantPhospholipidBiologyEnzyme

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Lipid peroxidation is an important part of the pathological pathway of membrane damage in membranes that have high levels of polyunsaturated fatty acids such as linoleic, linolenic, arachidonic, and docosahexaenoic acids. Neural membranes are particularly rich in polyunsaturated acids and such damage is implicated in neurological diseases, such as Alzheimer's disease. To obtain a bilayer model that represents the property of susceptibility to lipid peroxidation, we carried out molecular dynamics (MD) simulations of a bilayer of 1-palmitoyl-2-linoleyl- sn -glycero-3-phosphatidylcholine (PLPC). Parameters for the torsional potentials of the cis,cis -Δ 9,12 bis-allylic region of the linoleate chain were fitted to the results of high-level ab initio calculations on model compounds. The MD simulations of the bilayer provided the structural properties of the system and show that the unsaturation induces disorder and affects the physical properties of the membrane.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: Simulation ou modélisation
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,019
Score d'incertitude au seuil0,038

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0020,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,006
Tête enseignante GPT0,258
Écart entre enseignants0,252 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSimulation ou modélisation
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations125
Publié2004
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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