<i>Isaac</i>-CACTA transposons: new genetic markers in maize and sorghum
Notice bibliographique
Résumé
CACTA is an En/Spm transposon superfamily present in high copy number in plant genomes, and Isaac is a subfamily of the CACTA superfamily. The TIR sequence of the Isaac subfamily was used for the purpose of transposon display (TD) in maize and sorghum. The Isaac TD produced 50-80 amplified fragments, depending on the primer combination, and the amplification profile was highly polymorphic among maize inbred lines. Isaac TD-based phylogenetic clustering distinguished the maize inbred lines according to their lineages and was consistent with the results of phylogenetic reports derived from other marker techniques by others researchers. The Isaac TD profile proved to be highly reproducible with different brands of Taq DNA polymerases and thermocyclers. The Isaac TD was also applied to recombinant inbred lines to assess genetic segregation; we observed 40-50 recordable segregation markers, depending on the primer combination. These Isaac TD markers segregated mostly as dominant markers, although, in a few cases, non-parental bands were observed in the segregating populations. In addition, the Isaac TD was very successful in the amplification of sorghum accessions. Therefore, the Isaac TD may provide another useful protocol for genetic analysis in maize and sorghum.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».