Phylogeography of eastern leatherwood (Dirca palustris L.) resolved by chloroplast sequencing and microsatellite genotyping
Notice bibliographique
Résumé
The broad distribution of eastern leatherwood (Dirca palustris L.), from Florida to Canada, contrasted with its patchy restriction to rich, mesic forests and the paucity of vectors for dispersal of its seeds, represents a classic example of Reid's paradox of plant migration. It long has been presumed that temperate forest species of eastern North America persisted in southern glacial refugia near the Gulf Coast, after which many dispersed nearly 2000 km to contemporary northern range limits. The rates of migration necessary to account for present distributions exceed those suggested by contemporary observations of seed dispersal. I used ecological niche modeling, chloroplast sequencing, microsatellite genotyping, and phenotypic investigations to answer questions about the historical and contemporary distribution of populations and genes of D. palustris across the landscape of eastern North America. Ecological niche modeling supported my hypothesis that D. palustris persisted within mid-latitudinal refugia during the Last Glacial Maximum, and the distribution of chloroplast haplotypes supported the prehistoric presence of individuals at such latitudes. Deep diversification of chloroplast haplotypes indicated a complex history of population isolation, migration, and admixture over Pleistocene glaciations. I used next-generation sequencing for de novo isolation of highly polymorphic microsatellite loci from D. palustris. Microsatellite genetic analyses provided further evidence for mid-latitudinal refugia. Results from both markers were indicative of general dispersal limitation with instances of long-distance dispersal, especially to the Upper Midwest and Great Lakes Region; I suggest that an active vector likely was important for post-glacial range expansion of D. palustris. I provide genetic and phenotypic evidence for a new subspecies of D. palustris that is restricted in distribution to the Southeastern U.S. The putative subspecies has white pubescence on its bud scales, unlike the brown described for the species, and calyx tubes that are shorter and with wider limbs than those of D. palustris elsewhere.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».